GO（gene ontology）数据库，收集的是对各种物种基因功能进行限定和描述的标准词汇（term），是国际标准化的基因功能描述分类系统。根据基因产物的相关生物学过程（ biological_process）、细胞组分（cellular_component）以及分子功能（molecular_function）三个大类分别给予定义，而每一大类下又包含更多层级具体term，这些定义与具体物种无关。

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合数据库，整合了基因组信息、化学信息和生化系统功能信息，目前包含了16个子数据库。比如，KEGG PATHWAY数据库包含了图解的细胞代谢、膜转运、信号传导等通路信息； KEGG GENES数据库、KEGG GENOME数据库则包含了部分或者完整序列的基因/基因组信息；KEGG Orthology（KO）是KEGG直系同源数据库，将各个KEGG注释系统联系在一起，将分子网络和基因组信息联系起来，根据直系同源关系，实现跨物种的基因组或转录组的功能注释。

GO功能分类

图示解析：

横坐标：GO三个基本分类（BiologicalProcess、CellularComponent、Molecular Function）以及各类的下一层级term，从中可以看到描述BP、CC或MF的具体term有哪些。通过该图对应的表格可以查找某一基因的具体功能信息。

纵坐标：注释到某一term（该term及其子term）的基因数目。

有向无环图

图示解析：

有向无环图（DAG图）：GO数据库中，3大独立的ontology（BP、CC、MF）下面又可以独立出不同的亚层次，层层向下构成一个ontologies的树型分支结构，即有向无环图型。

RNA-seq中，对差异表达基因进行GO富集分析，采用topGO软件包实现有向无环图，展示差异基因富集的GO term及其层级关系，从上至下所定义的功能范围越来越具体。

对BP、CC、MF三大类各取富集程度最高的前10位作为DAG图主节点（方框表示），通过包含关系（is_a和part_of）将相关联的GO term一起展示，颜色越深代表富集程度越高，可以看出某一个term可以有多个箭头指向。比如 biological process term "hexose biosynthesis" 有两个parents："hexose metabolism"和"monosaccharide biosynthesis"，这是因为生物合成是代谢的一种，而己糖又是单糖的一种。

每一个节点（方框or椭圆），包含4行信息：GO term的id、该term的描述、GO富集的Corrected P-Value、该term下差异基因的数目/该term下基因组背景基因的数目。

散点图

图示解析：

RNA-seq中，对差异表达基因进行KEGG富集分析，可以通过散点图展示。此图中，KEGG富集程度通过Rich factor、qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。

横坐标是Rich factor，数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway term下的所有有注释基因数。

纵坐标是富集程度较高的pathway term（一般选取富集最显著的20条进行展示，不足20条则全部列出）。

q value是经过多重校验的p value，取值范围[0，1]，以颜色表示，越红表示q value越小，说明富集越明显。

点的大小表示该term下差异基因的个数，点越大表示基因数越多。

KEGG通路图

图示解析：

RNA-seq中，KEGG通路图是将差异表达基因所处的通路信息进行展示。

对于有参考基因组的物种，转录组测序获得的差异基因构建KEGG通路图时可以选择物种特异性通路图（Organism-specificpathway map），物种相关的通路节点以绿色背景的方框表示。

节点（矩形框）代表某一基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应。框中的数字是EC编号。网页版通路图分析结果中，点击该节点可以获得具体的信息（如下图）。550369是KEGG中的基因ID， T01004是物种标识符，然后是基因的名称，属于哪个KO分类以及表达的酶，对应的物种信息，参与哪些代谢途径，下面还有结构、序列信息等等。

红色边框表示该差异基因是上调的，绿色边框表示下调。上图展示的是有参转录组差异基因参与的类固醇生物合成途径。有时还会遇到黄色边框标注的，表示既有上调的也有下调的。粉色边框表示该节点是有差异的，但不区分具体上、下调。

对于没有基因组序列的物种，选择无参转录组测序，此时构建KEGG通路图选择的是 KO Reference pathway，不区分具体物种信息，节点以蓝色背景标注（如下图）。

KEGG通路图中各种符号的含义：